راديو جوان در زمان مديريت قبلي خود بيشترين درصد انتقادات را از دولت نهم و رسانه هاي نزديک به آن داشت بطوريكه ضرغامي رئيس سازمان صدا و سيما براي توضيح عملکرد راديو جوان حتي به مجلس نيز فراخوانده شد. مجريان اين راديو انگار از جنس ديگري بودند فرزاد حسني و فرشيد منافي كه در دوره پايشان به تلويزيون هم رسيد بنا به برخي صلاحديدها به خانه اولشان بازگردانده شدند.
در يکي از شديدترين انتقاد ها وزارت ارشاد در تاريخ 23 اسفند 85 طي بيانيه يي رسمي راديو جوان را متهم کرد كه با در دست گرفتن عنان دروغگويي و تخريب، با انتشار اخبار کذب و ارائه تصوير ذهني مخدوش از عملکردهاي بخش هاي مختلف دولت خدمتگزار به تشويش افکار عمومي مي پردازد. هرآنچه مي توانند از جايگاه خود سوءاستفاده کرده و سهواً يا عمداً در مسير دشمنان گام بر مي دارند و با ريختن آب بر آسياب آنان چرخ آن را پرزورتر به حرکت درمي آورند.
اگرچه در مقابل اين بيانيه مدیر روابط عمومی رادیو جوان گفت که صداو سیما قصد پاسخگویی مستقیم به این اطلاعیه را ندارد و به رویه ای که درست
می پندارد، ادامه می دهد.
ولي بالاخره پس از دو سال انتقادات صریح تعدادی از مقامات و رسانههای نزدیک به آنها از عملکرد رادیو جوان و ایستادگی مدیریت صدا و سیما، مدیر حرفهای و موفق این رادیو برکنار شد تا پرونده راديو جوان بسته شود.
